Одним из наиболее упускать из виду, что многие файловые системы используют бинарные деревья, чтобы управлять списки каталогов. Они редко используют простое бинарное дерево, но некоторые вариации, такие как B-дерево. Это объясняется тем, что вопрос о хранении на диске дерева является весьма важным для деталей реализации. Поэтому они используют этот вид структуры для повышения эффективности и скорости. Это позволяет им делать такие вещи, как поддержка тысяч файлов в директории. Сравнения для создания файла и времени делеции подчеркнуть эффективность для данного аспекта файловой системы.
Бинарные деревья также используются на многих играх, которые делают 3D-объекты. Опять же, причина скорость. На самом деле, скорость настолько важна, что некоторые игровые движки, такие как Quake двигатель на самом деле есть бинарное дерево предварительно сгенерированные и предварительно оптимизировано как часть процесса сборки карты.