Ошибка при использовании commandArgs (), чтобы передать аргументы R сценария

голоса
0

Счастливый понедельник!

Я пытаюсь получить мой сценарий для чтения в CSV-файл, заданный в командной строке, но я получаю эту ошибку:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Это мой код:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$Tree.Height.m <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = ../Results/,filename,_treeheights.csv, row.names=FALSE, col.names=TRUE))

Он должен читать на расстоянии и степени данных отработать высоту деревьев, добавить высоту к dataframe и выход в новый файл. Любая помощь будет высоко ценится, спасибо! : D

Задан 02/12/2019 в 23:58
источник пользователем
На других языках...                            


1 ответов

Ошибка при использовании commandArgs (), чтобы передать аргументы R сценария

голоса
0

Счастливый понедельник!

Я пытаюсь получить мой сценарий для чтения в CSV-файл, заданный в командной строке, но я получаю эту ошибку:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Это мой код:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$"Tree.Height.m" <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = "../Results/",filename,"_treeheights.csv", row.names=FALSE, col.names=TRUE))

Он должен читать на расстоянии и степени данных отработать высоту деревьев, добавить высоту к dataframe и выход в новый файл. Любая помощь будет высоко ценится, спасибо! : D

Ответил 02/12/2019 в 23:58
источник пользователем

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more