Snakemake: RuntimeError трассировки стека отсутствует при использовании Python fileConfig ()

голоса
0

У меня есть snakefile с одним правилом , которое импортирует локальный Python скрипт , а затем поднимает RuntimeError. Когда я бегу snakefile, трассировки стека для RuntimeErrorне показана. Кода и вывод snakemake показаны ниже.

// test.snakefile
rule test_rule:
    run:
        from test import hello
        print(hello)
        raise RuntimeError('raising error')
// test.py
import logging
import os
from logging.config import fileConfig

log_file_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), 'logging_config.ini')
fileConfig(log_file_path)

hello = 'hello'

snakemake выход:

...
[Mon Jan 13 14:45:54 2020]
rule test_rule:
    jobid: 0

Job counts:
    count   jobs
    1   test_rule
    1
hello
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Однако, если я закомментируйте строку fileConfig(log_file_path)в test.pyи запускать snakemake, в RuntimeError трассировки стека печатается как и ожидалось:

Error in rule test_rule:
    jobid: 0

RuleException:
RuntimeError in line 5 of /my-dir/test.snakefile:
raising error
  File /my-dir/test.snakefile, line 5, in __rule_test_rule
  File /usr/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py, line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Кто-нибудь знает, почему это происходит?

Задан 14/01/2020 в 00:02
источник пользователем
На других языках...                            


1 ответов

голоса
0

Эта проблема связана с тем, как loggingмодуль был определен test.pyи как они были импортированы в Snakefile. После установки должны работать. Пожалуйста , обратите внимание комментарии внутри блока кода для описания модификаций.

test.py

import logging
import os
from logging.config import fileConfig

fileConfig('logging_config.ini')
logger = logging.getLogger(__name__)   # assigns to "logger", through which logs are passed. 
logger.info('test.py debug msg')   # example log message

hello = 'yo yo yo'

Snakefile

rule test_rule:
    run:
        from test import hello, logger.   # imports both hello and logger
        print(hello)
        print (logger)

        logger.exception("Exception occurred")   # error log that would capture stack traces, if any. No stack trace in this example.
        raise SystemExit(1)     # exits with non-zero error

logging_config.ini - такой же , как писал в вопросах.

В этой установке, переменные helloи класс loggerимпортируются в правило test_rule, и их вывод регистрации будет записан в файл /tmp/experiments.log, как сконфигурирован в logging_config.ini.

Ответил 23/01/2020 в 07:26
источник пользователем

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more