Да. Facebook поддерживает настольные приложения, но они должны пройти через специальный механизм аутентификации. По сути, пользователь должен быть направлен на Facebook через окно веб-браузера, как часть процесса аутентификации.
Вот документация по процессу аутентификации: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
Существует относительно полируется библиотека Java для Facebook здесь: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
Если библиотека Java выше , не отвечает вашим требованиям, вы можете построить реализацию по своему усмотрению. По сути, вам нужно будет взаимодействовать с сервером Facebook REST, как описано в верхней части страницы здесь: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: После этого некоторых дополнительных исследований у меня есть еще несколько ресурсов для обеспечения: Вот список некоторых приложений, написанных с использованием Java для Facebook:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
И есть даже аккуратное настольное приложение, которое является открытым исходным кодом здесь:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
Удачи!
